Der FSME-Auslöser ist ein Virus, das über einen Zeckenstich auf den Menschen übertragen wird. Das Krankheitsbild ist lebensbedrohlich – nicht nur die Hirnhäute entzünden sich, die Infektion breitet sich im gesamten Nervensystem und somit auch im Gehirn aus. Die Zahl der FSME-Erkrankungen in Deutschland beträgt jährlich etwa 300.
Bei Kindern überwiegen leichte Krankheitsverläufe. Die FSME ist durch zwei unterschiedliche Phasen charakterisiert. Innerhalb von 2 Wochen nach dem Stich (3 bis 14 Tage) einer infizierten Zecke kommt es bei etwa 30 % der Infizierten zu einem grippeähnlichen Krankheitsbild mit Fieber, Kopf- und Gliederschmerzen. Dann, nach einem symptomfreien Intervall, das eine große Schwankungsbreite von 1 bis 20 Tagen aufweist, bei einem Teil der Infizierten zu zentralnervösen Beschwerden . Von diesen machen 50% eine Hirnhautentzündung (Meningitis), ca. 30 % eine kombinierte Hirn- und Hirnhautentzündung (Meningoenzephalitis) und die restlichen 10 - 20 % der Erkrankten eine zusätzliche Rückenmarkentzündung (Myelitis) durch. Defektheilungen und sogar Todesfälle kommen vorzugsweise bei erwachsenen Patienten vor. Als Spätschäden sind Lähmungen, beispielsweise der Schultergürtelmuskulatur, oder Gleichgewichtsstörungen infolge Kleinhirnbefall zu beklagen. 

Das Risiko einer FSME-Erkrankung ist während der Zeckensaison zwischen März und Oktober am größten und nicht nur auf beruflich gefährdete Personen wie Forstarbeiter oder Landwirte beschränkt. 90% der an FSME erkrankten Personen infizieren sich in ihrer Freizeit. Zecken leben bevorzugt in Bodenähe. Sie “lauern” auf Sträuchern, Gräsern und in Büschen, und lassen sich nicht, wie oft behauptet, von Bäumen herunterfallen. Zecken suchen dann möglichst schnell feuchtwarme Körperpartien an ihrem Opfer auf. Die kleinen, geschickten Kletterer halten sich, wenn sie z. B. auf einen Menschen übergehen, an seinen Haaren oder Kleidern fest, um dann an eine unbekleidete Körperstelle vorzudringen. Dementsprechend sind die Gelegenheiten vielfältig, beim Zelten, Joggen, Angeln, Reiten, Wandern, etc. von Zecken gestochen zu werden. Beim Stich werden die FSME-Erreger von der Zecke auf den Menschen übertragen. Eine besondere Tücke des Zeckenstichs liegt darin, dass er nicht nur Erreger übertragen kann, sondern darüber hinaus durch betäubende Substanzen im Zeckenspeichel vom Opfer praktisch nicht gespürt wird. Zecken kommen zwar weltweit vor, jedoch ist das FSME-Virus auf Europa und einige Teile Asiens beschränkt.  Das Infektionsrisiko ist in den zahlreichen europäischen Ländern sehr unterschiedlich. In Deutschland aber ist das FSME-Virus teilweise stark verbreitet. Gebiete mit sehr hohem Risiko sind in Süddeutschland die Niederungen des Donautals und seiner Nebenflüsse in Baden-Würtemberg und Bayern. 
Belastete Reisegebiete sind ferner Österreich und Südschweden.

Nach einem Zeckenbiß muß die Zecke möglichst umgehend und vorsichtig entfernt werden. Am besten geschieht dies mit einer Zeckenzange. Tier hinter dem Kopf fassen und mit leicht drehender Bewegung aus der Haut ziehen.

Insgesamt ist die Borreliose ebenfalls eine schwerwiegende Infektion, die unbehandelt fatale Folgen haben kann. Sie ist gebietsweise häufiger, als die FSME.